Areas of scientific activity:

Modeling of structure and dynamics of membrane proteins and their complexes with ligands and other proteins. Drug design. Development of new methods of coarse-grain dynamics. Studies of interactions of proteins with graphene, carbon nanotubes and other electrode materials for biosensor applications.

Exemplary titles of expected Master/Doctoral theses:

• Modeling of action of agonist/antagonist sensor and molecular switches of formyl / opioid / cannabinoid / chemokine / etc. receptors from GPCR family using theoretical methods.
• Studies of formation and dynamics of oligomers of membrane proteins.
• Design of drugs preventing aggregation of beta-amyloid / activating or deactivating GPCRs / etc.
• Interactions of modified graphene or other electrode nanomaterial with proteins.

Tematyki badawcze:

Modelowanie struktury i dynamiki białek błonowych oraz ich kompleksów z ligandami oraz z innymi białkami. Projektowanie leków. Rozwój nowych metod symulacji gruboziarnistych. Badanie oddziaływań białek z grafenem, nanorurkami i innymi materiałami elektrodowymi do zastosowania w bioczujnikach.

Przykładowe przewidywane tematy prac magisterskich/doktorskich:

• Modelowanie działania sensora agonista/antagonista oraz przełączników molekularnych receptorów formylowych / opioidowych / kanabinoidowych / chemokinowych i innych z rodziny GPCR metodami teoretycznymi.
• Badanie powstawania i dynamiki oligomerów białek błonowych.
• Projektowanie leków przeciwdziałających agregacji beta-amyloidu / aktywujących lub deaktywujących receptory GPCR i inne.
• Oddziaływanie modyfikowanego grafenu lub innego nanomateriału elektrody z białkami.

The applicants interested in working in our group are welcomed to contact us

Minimal requirements for candidates:

• Practical knowledge of at least one protein visualizing/modeling program (e.g. YASARA, VMD, PyMol, MolMol, SPDBviewer)
• Knowledge of types of protein structures
• Practical usage of biological web servers (e.g. UniProt, ExPASy, BLAST, Protein Data Bank)
• Basic programming skills (e.g. Python, Perl, C, C++, Fortran)
• Good knowledge of English